在集装箱建筑中需要进行特殊的防水和防火设计，尤其在防火设计方面显得更加重要，因为它的空间相对较小而且密闭性强，一旦发生火灾会造成大量的人员伤亡和财产损失，所以集装箱厂家建立防护机制，除了在安全方面进行斟酌以外它们还会重点关注防水问题。
1、防水卷材
清理干净基层后，在卷材反面和基层刷粘结胶，按弹好的基准线由远而近的粘贴、辊压，之后做接缝收头检查处理，完工后应做蓄水实验。集装箱厂家会根据项目地的环境气候不同，对保温所采用的隔热材料也会有一定的差异，集装箱厂家设计的集装箱房子的墙/天花板一般会应用欧松板、石膏板、水泥纤维板、高分子装配板、铝合金雕花板、防腐木等进行装饰；
2、涂料防水
以“一布两涂”为例：清理干净基层后，满刷一遍涂料，干燥成膜后，铺设一层玻纤布胎体增强材料，并在已展平的表面上满刷一层涂料固定，集装箱厂家提醒干燥后进行下一遍屋顶防水施工。集装箱内部喷涂聚氨酯泡沫，加装玻璃岩棉板以用来防潮防腐隔热隔音。南方室内加装空调、北方则加装地暖等；信誉好的集装箱厂家强烈建议外层覆装饰材料，比如欧松板、石膏板、水泥纤维板、高分子装配板等。
3、铺设刚性防水层
专业的集装箱厂家称应在首道柔性防水层完成后的两天左右进行施工，主要以高等级脂肪酸类砂浆防水剂、水泥、砂子、细石骨料、纤维为基本材料，防水层厚度应以集装箱厂家要求为主。集装箱内部为满足墙面和天花板的防火、隔热等要求，集装箱厂家建议室内采用厚度达标的玻璃岩棉夹心板进行装饰。
据集装箱厂家介绍一些楼层较高的集装箱房屋可能还会增加多层彩钢板或者是铝板来达到隔风隔热和防水的效果，具体采用何种的外部防水方法需要根据顶部加装的结构龙骨所决定，但是大多数的厂家都会在各个保护层外进行涂胶，这样可以有效的防止紫外线并避免漏水。